菲律宾阿基诺国际机场距马尼拉市中心约十公里，有机场至市区的定点汽车服务。机场设有免税品商店和饭店预订柜台。出境时需缴纳机场出境税。北京、广州、厦门等城市有飞往阿基诺国际机场的航班。北京至马尼拉，经停香港。南方航空公司每周5班由广州飞往马尼拉，经停厦门。
菲律宾境内各大城市都有公共汽车和出租车，在马尼拉还有吉普尼（jeepneys）——一种可载客10人的有鲜艳颜色的吉普车。吉普尼起价2菲律宾比索，出租车起价20菲律宾比索，多数出租车按表付费。从马尼拉至吕宋岛各主要旅游点有空调大巴。
菲律宾有两家铁路运输公司，一家是位于吕宋岛（Luzon）的菲律宾国家铁路公司，另一家是位于班乃岛（Panay）的菲律宾铁路公司。前者经营的铁路自马尼拉向北至安赫莱斯（Angeles）、甲万那端（Ca banatuan）和圣费尔南多（San Fernando），向南至奎松（Quezon）、圣巴勃罗（San Pablo）、卢塞那（Lucena）、那牙（Naga）和莱牙实比（Legazpi）。北线中途换汽车可至山地度假地碧瑶（Baguio），南线中途可观马荣火山（Mount Mayon）。火车座位分三个等级，白天火车有空调，晚间火车有卧铺。
菲律宾航空公司（Philippine Air Lines Inc．）在经营国际航线的同时，每天都有航班自马尼拉飞往各大城市。此外，在各岛屿之间还有轮船运输。
