燕墩始建于元代。据文献记载，元、明两代北京有五镇之说，南方之镇即为燕墩。因南方在“五行”中属火，故堆烽火台以应之。燕墩在元代始建时，只是一座土台，位置在大都丽正门外。至明嘉靖三十二年（1553年）北京修筑外城时，才包砌以砖。

燕墩是一座下广上狭、平面呈正方形的墩台，台底各边长14.87米，台面长13.9米，台底至台面高约9米。台顶四周原有高约1米的女墙，现已毁没。墩台西北角有石门两扇，入门后拾阶可登，历45级，通达台顶。台顶正中是一座正方形石坛，坛上立方石碑一座，高约8米。碑下部为束腰须弥座，台座四周各雕花纹五层，分别为云、龙、菩提珠、菩提叶等图案，束腰部分用高浮雕持法精雕出24尊水神像，均袒胸裸足跌座于海水之上，形态各异，栩栩如生，充分显示出古代工匠精湛的雕刻技艺。碑上部覆盖四角攒尖顶方形碑盖，四脊各雕出一龙，龙身作波曲奔腾状，龙昂首上扬，似欲飞奔夺宝顶。碑体南、北面分别镌刻乾隆十八年（1753年），汉、满文字对照的《御制皇都篇》和《御制帝都篇》，皆出自乾隆手笔。它以益誉的文笔，磅礴的气势，赞美了北京险要的地理形势、国泰民安的情景，溢满为封建王朝歌功颂德的内容。燕墩碑文是记述北京幽燕之地的徽记，堪称为北京的史记篇。