昌都在青藏高原东部、横断山脉北部，地势北高南低，平均海拔3700米，昌都地处西藏东部，东邻云南、四川，北接青海，南与林芝相连，西通那曲地区。

昌都地区由于地形复杂，山高林密，植被非常丰富，成为大量珍稀野生动物生活的天堂，国内外专家称“横断山区是全世界的动植物分化中心之一”。

昌都地区山脉纵横交错，沟谷相间，形成了“一山有四季，十里不同天”的复杂气候类型。大部分地区属于高原温暖半湿润气候，三江流域的下游谷地则受山地阻隔，属于甘源温暖半干旱气候。年平均气温在7－10摄氏度，年降水量在460－650毫米，主要集中在5－9月份，呈北少南多之势。

昌都地区距离帮达机场较近的地方一年四季均可旅游，其它地方因处于高山峡谷区，11月至次年3月大都大雪封山，而7、8月雨季时泥石流和塌方较多，因此5、6、9月是去昌都旅游的黄金季节。